1959-ൽ ചെന്നൈയിൽ ജനിച്ചു. പിതാവ്: ഇന്ത്യയിലെ ഹരിതവിപ്ലവത്തിന്റെ പിതാവ് എന്നറിയപ്പെടുന്ന എം. എസ്. സ്വാമിനാഥൻ. മാതാവ്: വിദ്യാഭ്യാസ വിദഗ്ധയായ മീന സ്വാമിനാഥൻ. പൂനെയിലെ ആംഡ് ഫോഴ്സസ് മെഡിക്കൽ കോളേജിൽ നിന്ന് എം.ബി.ബി.എസ്സും ഡൽഹിയിലെ ആൾ ഇൻഡ്യാ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് മെഡിക്കൽ സയൻസസിൽ നിന്ന് എം.ഡി.യും നേടിയ ശേഷം അമേരിക്കയിൽ പോസ്റ്റുഡോക്ടറൽ ഗവേഷണവും പൂർത്തിയാക്കി.
1989 മുതൽ 1990 വരെ, ബ്രിട്ടനിലെ ലെസ്റ്റർ സർവകലാശാലയിലെ പീഡിയാട്രിക് റെസ്പിറേറ്ററി ഡിസീസസ് വിഭാഗത്തിൽ റിസർച്ച് ഫെല്ലോ (രജിസ്ട്രാർ) ആയിരുന്നു. തുടർന്ന് സൗമ്യ സ്വാമിനാഥൻ ന്യൂജേഴ്സിയിലെ ടഫ്റ്റ്സ് യൂണിവേഴ്സിറ്റി സ്കൂൾ ഓഫ് മെഡിസിനിൽ പബ്ലിക് ഹെൽത്ത് ആൻഡ് ഫാമിലി മെഡിസിൻ ഡിപ്പാർട്ട്മെന്റിൽ അനുബന്ധ അസോസിയേറ്റ് ക്ലിനിക്കൽ പ്രൊഫസറായും ജോലി ചെയ്തു. 1992-ൽ, സൗമ്യ നാഷണൽ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഫോർ റിസർച്ച് ഇൻ ട്യൂബർകുലോസിസിൽ (ക്ഷയരോഗ ഗവേഷണ കേന്ദ്രം) ചേർന്നു, അവിടെ അവർ ഉഷ്ണമേഖലാ രോഗങ്ങളുടെ കോർഡിനേറ്ററായിരുന്നു. പിന്നീട് നാഷണൽ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഫോർ റിസർച്ച് ഇൻ ട്യൂബർകുലോസിസിന്റെ ഡയറക്ടറായി.
2009 മുതൽ 2011 വരെ, സൗമ്യ ജനീവയിലെ ഉഷ്ണമേഖലാ രോഗങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള ഗവേഷണത്തിനും പരിശീലനത്തിനുമുള്ള യുനിസെഫ്/യുഎൻഡിപി/ലോക ബാങ്ക്/ഡബ്ല്യുഎച്ച്ഒ പ്രത്യേക പരിപാടിയുടെ കോർഡിനേറ്ററായിരുന്നു. 2013 വരെ അവർ ചെന്നൈയിലെ നാഷണൽ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഫോർ റിസർച്ച് ഇൻ ട്യൂബർകുലോസിസിന്റെ (എൻഐആർടി) ഡയറക്ടറായിരുന്നു.
2015 ഓഗസ്റ്റ് മുതൽ 2017 നവംബർ വരെ, സൗമ്യ സ്വാമിനാഥൻ ഇന്ത്യൻ കൗൺസിൽ ഓഫ് മെഡിക്കൽ റിസർച്ചിന്റെ (ICMR) ഡയറക്ടർ ജനറലും ഇന്ത്യാ ഗവൺമെന്റിന്റെ ആരോഗ്യ ഗവേഷണ വകുപ്പിന്റെ (ആരോഗ്യ & കുടുംബക്ഷേമ മന്ത്രാലയം) സെക്രട്ടറിയുമായിരുന്നു.
2017 ഒക്ടോബർ മുതൽ 2019 മാർച്ച് വരെ സ്വാമിനാഥൻ ലോകാരോഗ്യ സംഘടനയുടെ ഡെപ്യൂട്ടി ഡയറക്ടർ ജനറലായിരുന്നു. 2019 മാർച്ചിൽ സ്വാമിനാഥൻ ലോകാരോഗ്യ സംഘടനയുടെ മുഖ്യ ശാസ്ത്രജ്ഞയായി. പീഡിയാട്രിക്, അഡൽറ്റ് ട്യൂബർകുലോസിസ് (ടിബി – ക്ഷയരോഗം), എപ്പിഡെമിയോളജി, പാത്തോജെനിസിസ്, എച്ച്ഐവിയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ടിബിയിൽ പോഷകാഹാരത്തിന്റെ പങ്ക് എന്നിവയാണ് സ്വാമിനാഥന്റെ ഗവേഷണ മേഖലകൾ.