കൊറോണ വൈറസ് - ജനിതകശ്രേണീകരണം കേരളത്തിൽ

Read Time:10 Minute

കോവിഡ് വ്യാപന പഠനത്തിന്റെ ഭാഗമായി രോഗത്തിന് കാരണമായ സാർസ് കൊറോണ വൈറസ് 2 ന്റെ ജനിതക ശ്രേണികരണം (Gene Sequencing) നടത്തേണ്ടതുണ്ട് സാർസ് കൊറോണ വൈറസ് 2 നു മുപ്പതിനായിരത്തോളം ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകള (Nucleotides) കോർത്തിണക്കിയ ഒരു ആർ‌എൻ‌എ (RNA) ജനിതക ശ്രേണിയാണുള്ളത്. കൊറോണ വൈറസ് കുടുംബത്തിൽ പെട്ട ഈ വൈറസിന്റെ ജനിതക ശ്രേണി ആദ്യമായി നിർണയിച്ചത് ചൈനയിലെ ഗവേഷകരാണ്. രോഗവ്യാപനത്തിനനുസരിച്ച് വൈറസിന്റെ ജനിതക ഘടനയിൽ വ്യതിയാനങ്ങൾ സ്വംഭവിക്കാം. പൊതുവായ വ്യതിയാനങ്ങൾ പങ്കിടുന്ന ജനിതക ശ്രേണികളെ ഒരു വംശാവലി വൃക്ഷം (Phylogenetic Tree) ആയി പ്രതിനിധീകരിക്കുവാൻ കഴിയും. ഇത്തരത്തിലുള്ള വ്യതിയാനങ്ങൾ ജനിതക ശ്രേണീകരണത്തിലൂടെ മനസ്സിലാക്കുവാനും വൈറസ് എവിടെ നിന്നും എവിടേക്കൊക്കെയാണ് വ്യാപിച്ചതെന്ന് തന്മാത്ര സമ്പർക്കാന്വേഷണത്തിലൂടെ (Molecular Contact Tracing) കണ്ടുപിടിക്കുവാനും പറ്റും. അതോടൊപ്പം വിവിധ വംശാവലികളുടെ വ്യാപന വേഗത, രോഗ തീവ്രത എന്നിവയും മനസ്സിലാക്കാനും ജനിതകശ്രേണി പഠനത്തിലൂടെ കഴിയും. ലോകത്ത് വിവിധ രാജ്യങ്ങളിലുള്ള വൈറസ് വൈശാവലികളും ജനിതവ്യതിയാനങ്ങളും കണക്കിലെടുത്ത് കൊണ്ട് വേണം വാക്സിൻ ഉല്പാദനം നടത്താൻ. അങ്ങിനെയൊരു വളരെ പ്രധാനപ്പെട്ട പ്രസക്തിയും ജനിതക പഠനത്തിനുണ്ട്. (കൊറോണ വൈറസ് : ജനിതകശ്രേണി നിർണയവും വംശാവലികളും – ബാനി ജോളി , വിനോദ് സ്കറിയ ചേർന്നെഴുതിയ ലൂക്ക ലേഖനം വായിക്കാം)

ലോകത്ത് ഇത് വരെ പല രാജ്യങ്ങളിലായി 20,000 ത്തോളം ജനിതക ശ്രേണീകരണം നടന്നിട്ടുണ്ട്. ഇങ്ങനെ കിട്ടുന്ന വിവരങ്ങൾ ജെൻ ബാങ്ക് (GenBank) എന്ന പൊതു വിവരസങ്കേതത്തിൽ (ഡേറ്റാബേസിൽ) ലഭ്യമാക്കുന്നുണ്ട് ® അമേരിക്കയിലെ നാഷണൽ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് ഹെൽത്ത് സാർവദേശീയ ന്യൂക്ലീയോറ്റൈഡ് ശ്രേണീകരണ ഡേറ്റാബസ് സഹകരണത്തിന്റെ (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) ഭാഗമായി ഡി എൻ എ ഡേറ്റാബങ്ക് ജപ്പാൻ (DNA DataBank of Japan (DDBJ), യൂറോപ്പിയൻ ന്യൂക്ലീയോറ്റൈഡ് ആർക്കൈവ് (European Nucleotide Archive (ENA), എന്നീ സ്ഥാപനങ്ങളുടെ സഹകരണത്തോടെയാണ് ജെൻബാങ്ക് സംഘടിപ്പിച്ചിട്ടുള്ളത്. . ലോകാരോഗ്യ സംഘടനയുടെ ആഭിമുഖ്യത്തിൽ വിവിധ രാജ്യങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള ശാസ്ത്രജ്ഞന്മാരുടെ സഹകരണത്തോടെ സംഘടിപ്പിച്ചിട്ടുള്ള ഡേറ്റാബേസിൽ (Global Initiative on Sharing All Influenza Data GISAID). 12,000 സാർസ് കൊറോണ വൈറസ് 2 ന്റെ ശ്രീണീകരണ വിവരങ്ങൾ ലഭ്യമാക്കിയിട്ടുണ്ട്.

ഇതിനകം ലോകത്തെമ്പാടുമായി പത്തു പ്രധാന വംശാവലികൾ (CLADES) ആണ് കാണപ്പെട്ടുവരുന്നതെന്ന് കണ്ടെത്തിയിട്ടുണ്ട്. പൊതുവംശാവലികൾ പ്രാദേശികമായി ജനിതമാറ്റങ്ങൾക്കും (Mutation) വിധേയമാക്കപ്പെടുകയും ഉപവിഭാഗങ്ങളുണ്ടാവുകയും (Haplogroups) ചെയ്യാം. . ഇതിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ വൈറസിന്റെ വ്യാപന സാധ്യതയിലും (Infectivity) തീവ്രതയിലും (Virulence) മാറ്റങ്ങൾ വരാം രോഗികളിൽ നിന്നും ലഭിക്കുന്ന രോഗലക്ഷണങ്ങളുടെയും ചികിത്സാ പ്രതികരണത്തിന്റെയും അടിസ്ഥാനത്തിൽ ജനിതക മാറ്റങ്ങളുടെ പ്രസക്തി പരിശോധിക്കപ്പെടും. ഇത്തരം പഠനങ്ങളെയെല്ലാം ചേർന്ന് ജനിതക രോഗവ്യാപന ശാസ്ത്രം (Genetic Epidemiology) വളർന്ന് വന്നിട്ടുണ്ട്.

ഇന്ത്യയിൽ സി എസ് ഐ ആറിന്റെ ആഭിമുഖ്യത്തിൽ ഇന്ത്യയിലെ വിവിധ സംസ്ഥാനങ്ങളിൽ കോവിഡ് വൈറസ് ജനിതക പഠനത്തിനായി ഇൻഡികോവ്ജെൻ (IndiCovGen: Indian Cov 2 Genomes and Genetic Epidemiology Consortium) എന്നൊരു സംവിധാനം ഒരുക്കിയിട്ടുണ്ട്.

ഇതിന്റെ ഭാഗമായി ഇന്ത്യയിൽ സി എസ് ഐ ആറിന്റെ ഗവേഷണശാലകൾ 2000 ലധികം കോവിഡ് വൈറസുകളുടെ ജനിതകശ്രേണി നിർണയം നടത്തിയിട്ടുണ്ട്. വിവിധ സംസ്ഥാനങ്ങളിലായി നടന്ന വൈറസ് പഠനത്തിൽ നിന്നും ലോക വൈശാവലികളിൽ 6 എണ്ണം ഇന്ത്യയിൽ കണ്ടെത്തിയിട്ടുണ്ട്. ഇവ ഇന്ത്യൻ ഉപവിഭാഗമായ A2a , സവിശേഷ ഉപവിഭാഗമായ I/A3i എന്നീ വിഭാഗങ്ങളിൽ പെടുന്നവയുമാണെന്നും അറിയാൻ കഴിഞ്ഞു.

കോഴിക്കോട് മെഡിക്കൽ കോളേജിന്റെ സഹായത്തോടെ ഡൽഹിയിൽ സി എസ് ഐ ആറിന്റെ കീഴിലുള്ള ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് ജീനോമിക്സ് ആന്റ് ഇന്റഗ്രേറ്റീവ് ബയോളജി, അക്കാദമി ഓഫ് സയന്റിഫിക്ക് ആന്റ് ഇന്നവേറ്റീവ് റിസർച്ച് എന്നീ ഗവേഷണ സ്ഥാപനങ്ങൾ കോവിഡിന് കാരണമായ സാർസ് കൊറോണ വൈറസ് 2 ന്റെ നടത്തിയ ജനിതക ശ്രേണീകരണ പഠനത്തിന്റെ പ്രാഥമിക റിപ്പോർട്ട് തയ്യാറായിട്ടുണ്ട്.

കോഴിക്കോട് മെഡിക്കൽ കോളേജിലെ എമർജൻസി മെഡിസിൻ വിഭാഗം ചീഫ് ഡോ ചാന്ദ്നി ആർ., ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് ജീനോമിക്സ് ആന്റ് ഇന്റഗ്രേറ്റീവ് ബയോളജിയിലെ മലയാളിയായ ശാസ്ത്രജ്ഞൻ ഡോ വിനോദ് സ്കറിയ എന്നിവരുടെ നേതൃത്വത്തിലാണ് പഠനം നടന്നത്. കേരളത്തിൽ കാണപ്പെടുന്ന വൈറസിന്റെ വംശാവലി നിർണയം നടത്തുന്നതിനുള്ള ആദ്യപഠനമാണ് ഇപ്പോൾ നടന്നിരിക്കുന്നത്.

ഈ ഗവേഷണത്തിന്റെ ഭാഗമായി കോഴിക്കോട് മെഡിക്കൽ കോളേജിൽ കേരളത്തിൽനിന്നുള്ള 179 വൈറസുകളുടെ ജനിതകശ്രേണികരണം നടത്തുവാനും അവയുടെ വംശാവലി ഉപവിഭാഗം A2a ആണെന്ന് നിർണ്ണയിക്കുവാനും സാധിച്ചു. വിദേശ വംശാവലിയിൽ പെട്ട രോഗാണുക്കളൊന്നും കണ്ടെത്താൻ കഴിഞ്ഞില്ല.

കേരളത്തിൽ ഒഡീഷ, കർണാടക, മഹാരാഷ്ട്ര എന്നീ സംസ്ഥാനങ്ങളിൽ നിന്നുമുള്ള രോഗാണുക്കളാണ് കൂടുതലായി കണ്ടത്. ഇത് പക്ഷേ വടക്കൻ ജില്ലകളിൽ നിന്നുള്ള സാമ്പിളുകളിൽ നിന്നുള്ളവിവരമാണ്. ബഹുഭൂരിപക്ഷം വൈറസിന്റെ ജനിതകശ്രേണിയിലും D614G എന്ന ജനിതകവ്യതിയാനം സ്ഥിതീകരിക്കപ്പെട്ടു . ഈ വ്യതിയാനം വർധിച്ച വ്യാപനശേഷിക്കു (Infectivity) കാരണമായേക്കാം എന്ന് മറ്റ് രാജ്യങ്ങളിൽനിന്നുള്ള പഠനങ്ങൾ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. കേരളത്തിൽ വൈറസിന്റെ ഉദ്ഭവം, വ്യാപനം എന്നിവയെക്കുറിച്ചു മനസ്സിലാക്കുവാനും ഈ ഗവേഷണം സഹായകമാവും.

കോഴിക്കോട് പഠനത്തിൽ നിന്നും എത്തി ചേർന്നിട്ടുള്ള പ്രധാന നിഗമനം വിദേശ വംശാവലിയിൽ വൈറസ് കേരളത്തിൽ കാണപ്പെടുന്നില്ല എന്നതാണ്. ഇന്ത്യയിലെ മറ്റ് സംസ്ഥാനങ്ങളിൽ വ്യാപകമായിട്ടുള്ള A2A എന്ന വംശാവലിയാണ് കേരളത്തിലുള്ളത്. ഇതിൽ നിന്നും അന്താരാഷ്ട്ര യാത്രക്കാരയുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ ഇന്ത്യയിലെ അന്യസംസ്ഥാനങ്ങളിൽനിന്നും ഉള്ള യാത്രക്കാരിൽനിന്നാണ് ബഹുഭൂരിപക്ഷം വൈറസ് വ്യാപനം കേരളത്തിൽ ഉണ്ടായതെന്ന് പഠനം സൂചിപ്പിക്കുന്നു. അന്താരാഷ്ട്ര യാത്രക്കാരുടെ എയർപോർട്ട് സ്ക്രീനിംഗ്, സമ്പർക്കാന്വേഷണം (Contact Traising) ഗാർഹിക സമ്പർക്ക വിലക്ക് (ഹോം ക്വാറന്റൈൻ) എന്നിവ വളരെ ഫലപ്രദമായാണ് നടപ്പക്കിയതെന്നാണ് പഠനം സൂചിപ്പിക്കുന്നത് ഗാർഹിക സമ്പർക്ക വിലക്കേർപ്പെടുത്തിയതാണ് കേരളത്തിൽ രോഗവ്യാപനം വർധിക്കാൻ കാരണമെന്ന് പലരും വിമർശിച്ചത് ശരിയല്ലെന്നാണ് ജനിതകപഠനം വ്യക്തമാക്കുന്നത്.
അതേയവസരത്തിൽ ബഹുഭൂരിപക്ഷം വൈറസിന്റെ ജനിതകശ്രേണിയിലും D614G എന്ന വർധിച്ച വ്യാപനശേഷിക്കു (Infectivity) കാരണമായേക്കവുന്ന ജനിതകവ്യതിയാനം കാണപ്പെടുന്നത് ഗൌരവമായി കണക്കിലെടുക്കേണ്ടിയിരിക്കുന്നു., ബ്രേക്ക് ദി ചെയിൻ (മാസ്ക് ധാരണം, ശരീര ദൂരം പാലിക്കൽ, ഗാർഹിക-സംരക്ഷണ സമ്പർക്ക വിലക്ക് ക്വാറന്റൈൻ, റിവേഴ് ക്വാറന്റൈൻ) തുടങ്ങിയ ഇതിനകം വിജയകരമായി നടപ്പിലാക്കിവരുന്ന പ്രതിരോധ നടപടികൾ കൂടുതൽ കർശനമാക്കേണ്ടതാണെന്നാണ് ഇത് സൂചിപ്പിക്കുന്നത്.
ഇപ്പോൾ വടക്കൻ ജില്ലകളിൽ നിന്നുള്ള സാമ്പിളുകൾ മാത്രമാണ് പഠനവിധേയമാക്കിയിട്ടുള്ളത്. മധ്യ-തെക്കൻ കേരളത്തിൽ നിന്നുള്ള വൈറസുകളെപറ്റി പഠികുന്നതിനായി എറണാകുളം, തിരുവനന്തപുരം മെഡിക്കൽ കോളേജുകളെ ചുമതലപ്പെടുത്താൻ തീരുമാനമായിട്ടുണ്ട്.